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门的职务被规定为专门负责管理天下所有江湖门派、负责登记在册、举行活动、协商矛盾、处置威胁国家安定的武林人员以及刺杀等。同时刑部每年处理不了的案件也交由六扇门处理，六扇门可根据情况选择抓捕或者刺杀，每次行动必须提经指挥佥事负责审核。同时刑部也需要派人进入六扇门完善与六扇门相适应的法律法规，六扇门内部有违法人员交由内阁处理。
三天后在无数人的关注之中六扇门正式成立。原锦衣卫指挥使牟斌调离锦衣卫负责组建六扇门，这也算是让牟斌干回老本行了，牟斌本来便是一位武林高手，现在由他负责最合适不过了。而早已在京城等待朱厚照多时的林江峰成立暗杀部主事。而王超辉则成了天部镇抚使。其余官职空缺则有牟斌负责报以朱厚照和内阁共同审批。
六扇门的成立在天下引起了巨大的影响，以前那些武林人士向来仗着自己武功高强无法无天，行事肆无忌惮。现在一听说朝廷要成立一个专门管理他们的部门，便引起了很多江湖人物的不满与挑衅。一时间有很多江湖人物在外面肆无忌惮的攻击朝廷更有甚者还专门来到京城点名挑战王超辉和牟斌等人。不过很快这些人便发现自己是多么的渺小与愚蠢了，在强大的国家机器面前他么那一点武力根本就不值一提。
当然也有看的明白的，有一些门派的掌门人知道这是朝廷对于江湖门派以往的作风不满了，而且即便是他们不满也没有什么用，遭受过无数次打压的他们知道所有的反抗都是徒劳的，既然这样还不如听命行事说不定还会得到朝廷的扶持呢。所以六扇门成立了之后每天既有人前来挑衅，但是也有一些门派专门派出了门下的子弟前来京城要求进入六扇门为朝廷做贡献。对于这些识时务的门派。牟斌当然是来者不拒统统安排到了六扇门里面。
在朱厚照和内阁大力支持，户部全力出银子、数十个门派投效之下六扇门经过了半个月的组建终于开始发挥自己作用了。
第一刀牟斌便将屠刀挥向了前段时间那些前来挑衅的人极其后面的门派身上。牟斌亲自率队六扇门全力出动凡是值钱挑衅过六扇门的武林人士不是被杀就是被抓进大牢，而那些人身后的门派也同样没有幸免，对于门派较小的牟斌就直接打上去，门派较大的便请求朝廷派遣军队协助，一时间六扇门开始横扫江湖，一直到第二年春季的时候几乎所有的门派都向六扇门臣服表示愿意服从管理之后这场风暴才落下了帷幕。
虽然在这一过程之中有很多门派遭到了毁灭性的打击，有很多武林人士或死或被关进大牢，但是对于整个大明的武林界来说这确实真正的繁荣的开始。在六扇门成立之前的江湖便是有明以来最繁盛的时候，不管是明朝的其他时候或者是其他的朝代的时候。最繁荣的也和那时差不多，因为历朝历代朝廷对待武林人士的方法都是以打击为主，只要武林门派势大了朝廷便开始打击，所以以前虽然那些个武林门派也有兴盛的时候，但是却都不能六扇门成立了之后相媲美。
在将所有的武林门派全都登记在册之后六扇门便开始了规范武林的第一步。第一步便是身份的确认。明代每个人都有户籍。不过这些户籍太普通了根本不能从中看出来具体的身份，所以为了将武林人士区别开来六扇门仿照朝廷僧录司和道录司管理和尚以及道士的方法也专门弄出来了一个和和尚、道士的度牒一样的东西。称为武牒。每一个行走江湖的人士都必须具有一个可以证明自己身份的武牒，不但六扇门凭着这这个武牒区分身份，就是武林人士也可以凭借着这个武牒到各地六扇门的机构里面寻求帮助。此举一举将整个江湖门派以及江湖人士规范化、正规化了。
除了负责管理江湖门派、江湖纠纷之外六扇门还肩负着推广武术的重任。整个大明各种大小门派不下千个，这么多的门派各有各的特长，各有各的优势，六扇门的一个重要任务便是将这些全都记录下来而且还要安排专人来将各家特长糅合在一起以便创造出一套身兼多家所长的武术并用于推广。同时六扇门还根据各门派的不同情况协助和引导各门各派在全国各地开设武官用以推广各自的武学。
除此之外在朱厚照的授意之下六扇门还要在大明举办一个覆盖全大明的武林大赛。这个武林大赛四年举办一次，每一次举办的地点不定，项目涵盖日常常见的各项兵器以及武学。每一次参赛资格不限，只要具有武牒的人便可以报名参加，在大赛的前一年六扇门会负责在全国各地举办预选赛以挑选选手参加最后的决赛。
自从四年一度的武学大赛开始举办以来，武学之风便在大明大盛，全国各地的武官如同雨后春笋一般冒了出来，而且为了达到全面习武强身的目的各地招手学徒只看重品德而不看重资质，以至于二十年后大明习武之人十之四五，而达到一定水平申请了武牒的人更是多达百万人之多。每四年一度的武林大赛更是吸引了数千万人次的观看。
不过这都是以后的事情，现在的六扇门才刚刚组建还没有显现出来他的威力呢。
牟斌离开了锦衣卫之后在锦衣卫还是引起了一阵轰动。不管之前多少人对牟斌不满，但是毕竟牟斌已经当了近二十年的锦衣卫指挥使了，现在锦衣卫里那一个人不是他看着一步一步成长起来的，所以当牟斌走了时候锦衣卫里很多人还是在牟斌面前留下了不舍的眼泪。
牟斌走了之后锦衣卫经过短暂的平静便热闹了起来了，近二十年了，锦衣卫在牟斌的压制之下都快比国子监的人还要君子了，现在没了人约束了，一下子锦衣卫里的大多数人便开始打起了外面人的主意了。
而同时在锦衣卫的高层，一番由于指挥使的位置引发的争斗也迅速展开，牟斌走了之后不知道什么原因并没有新的指挥使被派遣过来。，也就是锦衣卫指挥使的位置空缺了，一下子很多人便坐不住了，两个指挥同知、两个指挥佥事甚至就连南北镇抚使都加入到了抢夺指挥使的位置的行列了。