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正寺的职能已经由大宗正司取代，宗正寺的职责变成了负责帝王宗庙、诸陵的荐享祭祀以及修纂、保管皇族属籍等事务。
宗正司创建于宋仁宗景祐三年，一直到今，它都是皇族事务机构中当之无愧的第一机关。大宗正司是在宗室皇属之内选择有德望有贤才者充当知宗，具体职能则是：司训导，纠违失，凡宗族之政令，皆关掌奏，事毋得专达，先详视可否以闻。
也就是说，大宗正司在宗室事务上所起的作用，主要为沟通皇帝与宗室之间的正常联系，如皇帝的诏令或者裁断等等，通常就由大宗正司来传达执行；宗室的诸多请托事宜，传达给皇帝的也是大宗正司。作为皇帝和皇族之间的中间机构，也是不可或缺的一个机构。皇族成员不能越过大宗正司，直接向皇帝上表。
而宗正寺从设置之初，宗正寺大小官员不专任皇族或者宗姓，除大宗正司是在宗室皇属之内选择有德望、有贤才者充当知宗外，大都用的是宗室以外官员，这与前朝用宗子掌管有所不同。熙宁三年，王安石上奏主张任用外官管理大宗正司事务，神宗力排众议，采纳王安石的建议，下诏大宗正司设置宗正丞，又开始任用异姓朝官为丞。
用异姓朝官管理皇族事务的改革，其目的无外乎是为了加强对皇族的控制和监管。且早在立国初期，就规定规定太祖、太宗、秦王赵廷美下所有子孙，不论亲疏远近，一律要求聚族居住在开封宫宅之内，不得随意迁徙，仁宗后归大宗正司统一管辖。
而问题是宋代以前的皇室成员，五服以内的血缘族属才被视为皇室成员，而五服以外的血缘则被逐出皇室成员的范围，取消皇室成员待遇，视为庶民。但宋代的皇室成员，无论是五服以内和五服以外，都将他们录于皇族谱系，给予他们皇室成员待遇，如何管理这数以万计的皇子皇孙，是当时一个非常棘手的问题。
随着宗室人口日渐扩大，到了神宗时期已经在汴梁非常明显。皇子皇孙、宗室遍布，一不留神打个喷嚏都能喷到一位宗室脸上，经常引起各种事务纠纷。因为，太祖、太宗、秦王三宗后人都进入宗室，因此，皇帝、宗室官员、大臣你怎么处理都不合适。
因此，从宋神宗时期，宗室政策放松，便开始允许太祖、太宗、秦王赵廷美的后代离开东京到外地居住。远属宗亲迁居于外，但朝廷对此仍保持相当的谨慎态度，加上长期以来宗室过度依赖政府，极少选择居住外地州县，因此宗室主要还是散处于开封附近。
因此时间一长，京外的宗室成员也就需要管理了。徽宗在崇宁元年设立了西外宗正寺、南外宗正司。它的主要职能是执掌地方宗室事务，但如果遇到重要事件，外宗正司还是需通过在大宗正司向皇帝呈报处理。同时，蔡京建议将太祖子孙迁往南京应天府、赵廷美的子孙迁往西京洛阳。
靖康之变后，大批宗室被女真人屠杀，或是掳往极北之地，致死未能还乡。而高宗南渡，几代之后随着人口繁衍，宗室人口暴增，又从临安分遣到绍兴和泉州，仍设外宗正司管理……
如今由于蒙元蒙元侵入江南，皇家宗室再遭浩劫，大批宗室被蒙元掳掠到北方，泉州宗室由于蒲氏投敌，几乎被杀绝。而逃脱的宗室有的投奔行朝，在复国中战死疆场，更多的是为了避祸自毁玉牒和宗谱，改名换姓隐于民间。
所以在景炎帝驾崩，当今皇帝继位后，宗室零落只剩下皇帝和杨太后，加上后来皇帝认的远宗赵孟锦和出家为僧的元妙大师。后来得知被掳到北方的德祐帝及一班宗子皆接受蒙元的敕封，小皇帝为了表明自己抗元的决心，便将他们尽数除籍，成了真正的孤家寡人。
而后收复江南，重返临安，小皇帝也开始寻找宗室人员，但皆因为玉牒缺失，且宗谱被蒙元劫走，无法确认而作罢。接着又闹了一出‘太子’之争，掀起了一场风波，虽然最后小皇帝将其废黜，可他寻找遗散宗室的心更淡了。
更让人难堪的是小皇帝逃出临安前，谢太皇太后下诏封其为大宗正，而今也没有人接替，在大婚前其实是自己管自己，有了媳妇、儿女，也不过是一家之事。所以现在的局面是宗正司管的死人比活人多，皇帝兼职的局面，又让他如何启齿……