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兵马太多，指挥系统变得紊乱，此时终于找到可供休息的地方，戚继光急需重新整编部队。
他先是将浙军老师与万岁军合并，从中选出立下功勋的三千五百余人编成四十个千户所，广布于轮台、吐蕃、伊犁，划分耕地牧地，广纳流民诸部，加以屯田。
同时向朝廷报备新设伊犁都指挥使司，请兵部吏部派遣县官、军官。
余下兵力与蒙古轻军、重军合编一体，正式将他们吞入明军体系之内。
至此不再有蒙古轻军重军，只有大明征西军。
都指挥使由戚继光兼领，都指挥同知董长昂、炒花、俺答从孙龙虎将军库图克图车臣洪台吉，指挥使指挥同知各十六员，下辖千户七十二部，皆以汉将任千户、部长任副千户，将过去轻军诸部完全打散。
各千户部有步骑五百、重骑三百、炮兵一百、飞艇一百组成，其中重骑百户麾下只有重骑三十三人，余下为辅兵；炮兵有炮两门，飞艇有艇一艘、辎重车五十架。
戚继光的四路大军，如今只剩下塞北铁路总督梁梦龙的六部卫军保持原有编制，但他们已经不算是戚继光的部队了，梁梦龙如今把铁路一路铺设到阴山西面，已算进境神速，肯定是赶不上他了。
此外他顺手将先前一路西征所携牛羊马骆驼重新分配，各由千户率领游牧，不论步骑皆有马匹，各部同样像北洋军那样设立宣讲，不过首要任务是教授军兵识字，有教官职能，授以勘探、测绘、骑兵战法、纪律训练等技能。
这也是戚继光真正想做的事，这些东西跟原本的蒙古军队格格不入，他们不领军饷，所获全靠作战掠夺的战利赏赐，打仗时愿意听命，不打仗时便各自畜牧四处游荡，不像中原王朝的部队屯在大营，有机会学习更多。
双方在融合中向最适合他们的战功赏赐、官职授予方式摸索前进。
不过在摸索出真正适合他们的方法之前，各千户部还是要带着部队四处游牧，一面畜养牲畜，一面测绘周遭路线地图。
与先前最大的区别便是个千户部之间有了更多联系，所有部队像一张大网，覆盖整个伊犁河谷。
短时间里戚继光不想继续向西征伐，他的士兵都非常疲惫，而且罐头食品几乎耗尽，火药存量也严重不足，必须等待部队在这里把新罐头食品做出来，也要等待后方将新的火药送来，还有大后方的火器、甲片、兵器备用零件的补给。
这里的后方指的是吐蕃的佟登。
他们在达云击败马黑麻的七角井找到了硝矿，还有过去吐蕃叶尔羌造火药的几处硝矿与硫磺产地，眼下他这边正在造炭，只等着东西送来就能补充火药。
但在未明确土地所有的边境游牧是很危险的事，一不小心就会爆发争端，尤其在双方都持有武力的情况下。
树欲静而风不止，戚继光有心在这休养生息，奈何前线的部下回报，在他们的西边，一场新的战争已经打响，他们的新对手是哈萨克汗国。