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以前朱聿键希望用民族主义思想武装他们的头脑，让这些官员能够自觉的自我约束，但是现在看来情况不容乐观，因此他决定建立监察司专门对官员的不法行为进行监控。
为了防止政务院各部门与监察司有什么勾结，这个监察司与公安司和情报司一样，专门对朱聿键本人负责，同时让与政府官员没有多少瓜葛的总参谋部副总参谋长孙传庭担任司长。
为了加强军队的掌控，将其彻底与地方政府实力脱离，避免互相勾结的情况出现，朱聿键还决定建立负责武器装备定型和采购配发的总装备司，以及负责负责军粮、军服、被褥等其他物品供应，以及各种物资战时运输和日常储备的总后勤司。
曾经因为孔有德之乱而投奔唐军，又在美洲作战中屡立战功的老将张焘担任了总装备司的司长，在对沙俄的大规模作战中，出色完成了后勤补给任务，支持大军打赢了最终决战的北方总督陈子龙，卸任之后成了总后勤司的司长。
这两个司并不属于政务院，而是隶属于总参谋部编制，算是军方的部门。除此之外各部队进行调防，许多临时部队重新更改番号，并固定了防区。
为了将军政脱离，朱聿键发布了军区的新编制，任命军区司令统管辖区军队，在战时担任一个方面的前敌总指挥。他们的后勤和装备问题将由总装备司和总后勤司直接负责，不再与地方政府发生联系。
最重要的两个军区就是位于北方的乌拉尔军区和远东军区，其中乌拉尔军区的防区包括乌拉尔省、伯利亚省和西疆省。军区司令由刘体纯担任，将他的第七军摆在乌拉尔山正面，此外乌拉尔军区还掌管满桂的第三骑兵军和第一、第三两个守备军，这个军区的主要任务就是面对沙俄与中亚的诸多蒙古国家。
远东军区包括北海省、远东省、高丽省，以及北美洲最西端的跨海省，军区司令由袁崇焕担任，主要负责对蒙古和满清作战，袁崇焕所率领的第四军驻守此地，另外还有吴之番的第一骑兵军、赵率教的第二骑兵军和第五、第六守备军的兵力，其中第六守备军是以三个印第安师整合而成，主要驻守跨海省地区。
浙南五府、福建省包括夷州岛地区、吕宋省、澳北省，以及澳洲大陆上的四个省，包括大沽寨和上海寨都划入中央军区，由总参谋部直接管辖，配备近卫师、第七、第八守备军、第一独立旅和陆军飞艇队，其中第八守备军主要驻守澳北省和澳洲大陆的四个省。
交趾省、缅甸省和群岛省做成中南军区，军区司令为李侔，主要驻守第三军和第九守备军，除了负责当地警戒任务之外，还要注意莫卧儿帝国方向的作战。
李伦指挥的非洲军区地盘最小，但军队数量却一点也不少，他除了负责南非省之外，还驻军锡兰岛和南亚次大陆的大片土地，负责对莫卧儿帝国的作战，这里将配备李伦的第一军，以及第二和第四两个守备军，战斗力也是不容小觑的。
美洲分为北美和南美两个军区，其中北美军区由刘芳亮担任军区司令，驻防他的第二军，以及由印第安师组成的第十和第十一守备军，负责防区包括冰雪省、哈德逊省、五湖省、沿海省、内陆省、平原省、大盆地省和墨西哥省。
能文能武的李信在卸任美洲总督之后转入军队序列，成为了南美军区的司令，他掌控着中美省、亚马逊省、南美省和西海省，另外这个军区还管辖着太平洋上的诸多岛屿。因为这个军区的防守压力并不算大，所以没有野战军的序列，李信手下只有以印第安师组建的第十二、第十三守备军，以及由诸多阿兹特克游击队和玛雅游击队整合在一起的第十四守备军。
除了这些军区之外，还有两个编外的战区，这两个战区是隐蔽的，因其驻扎的地区并不属于朱聿键的管辖之下。其中有包括河南南阳府、伏牛山区和商洛山区，最近又在向四川发展的河南战区，战区司令由田见秀担任，配备第六军和第十五守备军。
袁宗第被秘密抽调到青海地区，负责在青海和乌斯藏昌都地区的渗透工作，这里被划分为西南战区，袁宗第除了统带他的第五军之外，还配属了一个第十六守备军，这个守备军拥有一个骑兵师，全军大部分都是昌都和青海地区的本地人，其中有藏人也有蒙古人，华夏人数量不足三成。
作为唐军的两大军种之一，海军也有相应的变化，首先是在总参谋部加设一名海军副总参谋长，由原夷州分舰队司令胡锐波担任，在孙传庭调任监察司，袁崇焕改任军区司令之后，陆军副总参谋长出人意料的由原第二军参谋长戚成友接任。海军建立海军司，同样由总参谋部管辖，司长由张名振担任。
海军舰队重新编组，取消了各个分舰队，统一建立几个大洋舰队和近海舰队。太平洋舰队司令李俊，副司令郑彩，下辖一艘宁波级铁甲舰福州号，二十艘改装尼德兰战船，十五艘六号战船，二十艘宝船，舰队司令部驻扎釜山港。
印度洋舰队司令甘辉，副司令李成喜，下辖三艘宁波级铁甲舰宁波号、泉州号、台州号，十艘四号战船，十艘五号战船，十五艘六号战船，十五艘宝船。舰队司令部驻扎巴达维亚，同时有一部分舰队长期驻扎南非望南港，以封锁欧洲船只进入印度洋的通路。
大西洋舰队司令陈永疆，副司令郑芝豹，下辖一艘宁波级铁甲舰厦门号、十艘一千两百吨级北美纵帆船，二十艘六百吨级北美纵帆船，舰队司令部驻扎科隆港。
近海舰队分为四支，分别配备一部分六号战船、二号福船和海沧船，其中胡锐涛率领的西美洲舰队驻扎南进堡，负责监控火地岛的通道，防止欧洲船只进入太平洋。