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nbsp; 朱佑樘颇为优待外戚，再过了两日，便连连追封岳父张峦为昌国公，封妻弟张鹤龄为寿宁侯、张延龄为建昌侯。妻弟嚣张跋扈，言官时常进谏，朱佑樘偶有调解，但并未真正惩罚张菁菁那两个弟弟。
这些都在苏挽月意料之中，但唯一意料之外的，应该是朱佑樘对于万通的宽容，只是革除了万通残余的攀附势力，罢免外戚及党羽，并未有就此报复。有些投其所好的言官上奏要求开棺鞭尸的，也被朱佑樘一笑带过了。裁汰传奉官，罢免右通政任杰、侍郎蒯钢等千余人，论罪戍斥。革除法王、佛子、国师、真人封号，处死妖僧继晓。革除万通、万安之职。在成化年间，被宠信的方术佛道人士，也被遣送出宫，接回了王恕任吏部尚书，马文升调回顺天府任兵部尚书，刘大夏为副都御使。朝中内外，一片清明之景。
朱佑樘即位之初，就着手改革弊政。起初他的精力主要放在了朝廷要员的人事安排上，待到这些问题基本解决之后，他便开始注重于对内忧外患的治理。弘治元年，朱佑樘便采纳大臣的建议，开设大小经筵。这一制度是在正统初年制定的，大经筵，每月逢二、十二、廿二日举行，主要是一种礼仪；小经筵又称日讲，君臣之间不拘礼节，从容问答，是重要的辅政方式。大小经筵制度，在宪宗朝时一度废置。朱佑樘开始坚持日讲，同时，又在早朝之外，另设午朝，每天两次视朝，接受百官面陈国事。朱佑樘勤于政事，还开辟了文华殿议政，其作用是在早朝与午朝之余的时间，与内阁共同切磋治国之道，商议政事。
朱佑樘勤政图治的做法，与他父亲的怠于朝政形成鲜明的对照。朱佑樘锐意求治的决心，让朝廷上下焕然一新，文武百官纷纷上言，或痛陈时弊，或广进方略。马文升上时政十五事，包括选贤能、禁贪污、正刑狱、广储积、恤士人、节费用、抚四裔、整武备等诸多方面，朱佑樘无不大为赞赏，一一付诸实施。
由于成化时期，宪宗皇帝宠信佛道，致使许多佞幸小人混入朝中，李孜省和继晓就是其中的代表人物，他以方术、房中术进献皇帝得到宠幸，然后与太监梁芳狼狈为奸祸乱朝政，打击忠臣，扶植朋党，是当时朝廷中的第一大害。朱佑樘即位之后立即逮捕了两人，使文武百官弹冠相庆。
接着，孝宗皇帝开始整顿吏制，将成化朝通过贿赂，溜须拍马发迹的官员一律撤换，改革首先从内阁开始，罢免了以外戚万安为首的“纸糊三阁老”。同时，朱佑樘大量起用正直贤能之士。象王恕、马文升等在成化朝由于直言被贬的官吏；徐溥、刘健、谢迁、李东阳等贤臣。为于谦建旌功祠，使得无论是朝中还是宫中都为之一新，时称朝序清宁。
在万安的被逐罢之前，人们并不十分了解孝宗其人。只知道他是一个出生于冷宫的一个身份卑贱的宫人之子，后来虽得到宪宗承认，但一直受嫉于万通，甚至到成化末年，还有废立之危。因此，当这个十八岁的青年登极为帝的时候，除去得到一些正直大臣们的拥护之外，恐怕多少还有些同情，他的皇子生活实在太坎坷了。但是人们很快就不得不对这位年轻皇帝刮目相看，斥佞用贤的弘治初政，给成化后期混乱的朝廷打了一针兴奋剂，使明朝有了中兴的希望。
而这位皇帝又出奇地宽和善良，即使对当初迫害其生母的万通家人，也表现了极大的宽容。对万通本人，也没有听从臣下的建议对她削谥议罪。这一切都出于一个孝字，孝敬父皇，维持传统，以宽仁忠孝为主。也正因为此，朱佑樘在内政治道上最主要的措施是大力兴修水利，发展农业，繁荣经济。
弘治二年五月，开封黄河决口，孝宗命户部左侍郎白昂领二十五万人修治。弘治三年，黄河又于张秋决堤，由汶水入海，漕运中绝，经朝臣推荐，朱佑樘命浙江左布政使刘大夏前往治理黄河，经两年时间治理，黄河自开封往东，不再向东北入山东流入渤海，而是向东南，经徐州，由洪泽湖北汇入淮河，夺淮河河道入黄海。筑长堤三百六十里，基本上抑制了黄河水患，此后漕河上下无大患者二十余年。弘治五年，苏松河道淤塞，泛滥成灾。朱佑樘命工部侍郎徐贯主持治理，历时近三年方告完成。从此，苏松消除了水患，再度成为鱼米之乡。
鉴于前朝宦官专权乱政的教训，朱佑樘对宦官严加管束，东厂、锦衣卫再不敢任意行事，只能奉守本职，新任的锦衣衣指挥牟斌能持法公允，用刑宽松。这是明中后期其他朝代所罕见的现象。
朱佑樘对臣下宽厚平和，早朝的时候，孝宗亲御奉天门，大臣们言事，要从左右廊庑人门内面君而奏。有的大臣因地滑，行走失仪，朱佑樘从不问罪，奏本中有错字也不纠问，经筵讲官失仪，他还宽慰数词，不使其慌恐。
朱佑樘力求节俭，诏减皇宫的开支与供奉，不大兴土木，主张节约费用，缓解人民负担。他屡次下诏，禁止宗室、勋戚侵占民田，鱼肉百姓；还多次下诏减免一些地方的夏税、秋税。正统、成化年间，农民起义不断，有几次声势还相当大，而朱佑樘继位一来，却几乎没有大规模的农民起义。
民间皆传朱佑樘“恭俭有制，勤政爱民”，其中可能有溢美之词，不过，与前后几朝相比，他绝对是个好皇帝。雄才大略，也不亚于太祖、成祖。
这个皇帝，亦淡泊于女色，除去登基时期册封的张氏皇后，此后并未纳一妃一嫔。