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入侵计划，并准备针对她展开行动。
遭受了惨重的损失之后，制药公司雇佣了麦野沉利和她的团队“道具”防御美琴的攻击。“道具”兵分两路进行防御，当晚美琴在入侵研究所的时候果然遇到了zhadan少女的袭击。与此同时布束也来到了另一处研究所内进行交涉进行自己的计划，一番战斗之后美琴将对方逼入了绝境，但却被对方使用诡计击伤，最终美琴俘虏了敌人但却被对方的援军拦截住。
美琴将芙兰达制服后被随后赶来的麦野沉利拦截住，此时布束正在进行着自己的秘密计划。美琴与麦野开始对战，因为对方人多势众，美琴先一步离开了战场，但却被泷壶捕捉住了自己的位置。同时布束将人类感情程序输入到了御坂妹妹的信息中，希望能够改变着一切，她自己也因此被捉住，麦野随后独自前往设施内部对战美琴。
美琴沿着设施内芙兰达布置的zhadan胶带捡到了很多娃娃zhadan。随后两人在设施中心见了面，美琴利用zhadan和麦野周旋，利用zhadan美琴暂时摆脱了麦野。来到了数据库的房间进行破坏，回到设施中心的美琴被麦野偷袭。之后的逃跑中美琴被麦野一路追杀，最终在天井房成功的将麦野击落。次日美琴签入了最后一处研究中心却发现这里已经人去楼空，美琴以为这一切都已经结束了。
美琴在公园见到了曾经有一面之缘的当麻。两个人围绕着自动贩卖机开始了讨论，美琴对于当麻不怕她的电能力而愤愤不平。另外一边黑子还在等待着美琴的归来，就看到了两人在长椅上，误以为两人正在约会。此时一名御坂妹妹来到了公园，美琴将御坂妹妹带走后得知秘密计划仍然在进行中。为了彻底解救御坂妹妹并破坏这个计划，美琴逐渐的有了牺牲自己的觉悟。
就在美琴决定了解这一切的这天，她在山上见到了当麻并得知了一名御坂妹妹的消息。之后当麻又见到了御坂妹妹，美琴乘坐巴士来到了学园都市的宇宙中心，准备给树形图设计者输入错误的信息。当麻仍然和御坂妹妹在街上闲逛着，美琴潜入了通讯中心却发现这里空无一人，随后她发现树形图设计者原来早已被破坏掉了。
当晚御坂妹妹10031号和一方通行开始了对战，当麻从便利店出来却发现不见了御坂妹妹的踪影。与此同时，美琴因为没能破坏树形图设计者而十分沮丧，随后潜入了宇宙中心的研究大楼并开始大肆破坏。当麻一路追寻在小巷子里发现了御坂妹妹丢下的鞋，随后一路追踪而去，可惜没有及时赶上救下御坂妹妹，但同时当麻也发现了御坂妹妹的事实。
当麻来到了女生宿舍找美琴，为了套当麻的话，黑子把他放进了宿舍。在宿舍里他向黑子询问了美琴的事，并发现了御坂妹妹们的神秘计划书。为了拯救御坂妹妹10032号，他照着计划书来到了对应的地点。在大桥上他遇到了美琴，因为担心美琴的安危，并试图阻止美琴的危险行为，最后当麻说服了美琴让他自己去解救御坂妹妹们。
当麻为了解救御坂妹妹，争分夺秒的赶往实验地点。此时御坂妹妹已经被一方通行打败，千钧一发之际当麻赶到了现场。看到了受伤的御坂妹妹后愤怒的当麻向一方通行发起了攻击，与此同时美琴也在向着战场赶来。当麻一开始被一方通行压制而无还手之力，但是当麻神奇的无效化能力特性却正好克制了他。最终美琴在御坂妹妹们和当麻的帮助下终于能够和一方通行正面交战。