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中剧毒的碎蜂该如何应对？
瀞灵廷内控制保拉的泽渡与十二番队队长涅茧利展开激烈的战斗，好奇心极强的涅茧利当然不会放过眼前这个老头，一见面就想拖回去当实验材料，虽然在尸魂界提升力量的泽渡使涅茧利陷入苦战，但还是不敌“疋杀地藏”的威力仓惶逃走。涅茧利早已开发出探测对方灵力的仪器顺利找到泽渡，面对涅茧利的卍解“金色疋杀地藏”，泽渡决定孤注一掷。
石田引开正在四处攻击死神的约希，约希操纵的尼塔可以随意转换攻击和防御模式，而还无法很好控制力量的石田自然处于劣势，虽然在战斗中渐渐掌握节奏，但仍无法与约希匹敌。另一方面，狩矢前往技术开发局寻找原始的纹章“净界章”，那是用来封印引起实验事故的无尽能量的纹章，虽然一护和茶渡及时赶来阻止，但狩矢还是得到了这终极的力量。
石田和约希的战斗还在继续，面对约希的猛攻石田显得非常被动，虽然慢慢掌握了力量，但灭却师的道具又显得很不稳定几乎到了极限，这时石田回想起以前爷爷的教导，趁着约希切换模式的间隙发动攻击，最终反败为胜。另一方面，护廷十三队召开会议就狩矢获得净界章的力量而商量对策，古贺也开始反对狩矢的残暴并决定阻止他。
被狩矢所伤的古贺靠吸收灵子慢慢恢复过来，为了阻止狩矢的暴行，古贺尽量避面与死神的冲突。就在古贺前去阻止狩矢的途中，毫不知情的日番谷在藏人的帮助下挡在了古贺面前，冰轮丸的强力攻击下达鲁库化为碎片，古贺使出了真正的力量用化为战斧的达鲁库向日番谷冲去，最终败在“大红莲冰轮丸”之下。
一护等人带着受伤的石田到十番队队舍接受治疗，织姬也赶来汇合，经过苦战之后灵魂狩猎者只剩下了狩矢一人，护廷十三队思索着对付隐藏气息的狩矢，而众人也趁着这个时候休息。最先找到狩矢的兰岛，为了亲自了解这一切用鬼道枪向狩矢攻去，当她看到狩矢身上的纹章时回忆起了很久以前的事情。
狩矢也想起了自己的过去，年幼的他与大家一起建筑山洞并满心期待的等着死神们的援助，而等来的却是来自死神的迫害和流亡的生活，即便如此大多灵魂狩猎者还是没有放弃对尸魂界的向往，却又遭到了死神们的一次次抹杀，抱着这种仇恨狩矢决心要毁灭尸魂界。就在狩矢想给兰岛致命一击时石田出现了，可以灵活运用装备的石田爆发出强大的力量。
一护出现挡在了狩矢面前，立即使出卍解展开战斗。日番谷从兰岛口中得知，被狩矢吸收的“净界章”在瀞灵廷内还存在十多个，它们会随着狩矢体内的净界章一起爆炸，得知此事后瀞灵廷上下全部赶往各地重新封印净界章，而与狩矢的战斗只能交给一护。一之濑赶来阻止狩矢，认为复仇没有任何意义，但却遭到狩矢的无情攻击。
双殛之丘上，一护与狩矢的战斗激烈的进行着，召唤出娃娃魅莎的狩矢施展出强大的力量，但魅莎的力量远不止此，飓风摩擦空气从而产生电流，这才是魅莎真正的力量。虽然夜一与白哉赶到现场封住狩矢引爆净界章的攻击，瀞灵廷内也展开对净界章的封印，但狩矢体内的净界章马上准备就绪，一护能赶在这之前打败狩矢吗？
破碎的建筑正在修复，受伤的人们也接受着治疗，一切渐渐都步入正轨，灵魂狩猎者的历史也得到了瀞灵廷的认可。一护、露琪亚和恋次各自陷入沉思，回忆着过去的点点滴滴，而受伤的古贺被夜一救下送往兰岛的住处，一切准备就绪后众人准备返回现世。一护一直在想，从前的自己总是那么无力，自从认识露琪亚后一切才开始扭转。
回到现世后的众人生活渐渐恢复正常，而一护作为死神代理继续维护空座町的安全。这时一护的班里来了一位名叫平子真子的转校生，就在当天晚上一护消灭完虚后平子手持斩魄刀漂浮在一护的身后，平子是踏入虚的领域的死神，以“假面军势”自称，并邀请一护加入他们。与此同时，雨龙和进入一护身体里的魂都遭到与以往不同的虚的攻击。